Hola,
Creo que funcionar funcionarían exactamente igual, tanto en paralelo como en serie. Pero yo me decantaría por la conexión en paralelo, se me ocurren estos dos criterios.
1. En paralelo la pérdida de carga sería menor (criterio creo que despreciable, ya que no sería una gran pérdida de carga en ningún caso).
2. Sobre todo porque a la hora de realizar sustitución o labores de mantenimiento en uno de los depósitos, la instalación puede seguir funcionando si están conectados en paralelo, mientras que si están en serie la instalación tiene que suspenderse.
Salu2!
Disculpen si les llamo caballeros, pero es que no les conozco muy bien. (Groucho Marx)