No he estado en ninguna de las dos situaciones pero las estuve estudiando las dos. Basicamente la diferencia se encuentra en la responsabilidad civil. Si por algún motivo siendo autónomo sufrieras algún percance que no hiciera frente tu seguro contratado (como los famosos "entrampamientos" muy comunes en el mundo de la construcción) tu responderías con todo tu patrimonio, incluido también el de tu conyuge. Por el contrario, si constituyes una S.L. la responsabilidad es limitada (salvo que se demuestre negligencia por parte del gerente). El capital mínimo disponible en los fondos de una S.L. en caso de quiebra deben ser unos 3000€, en caso contrario el juez podría declarte culpable de negligencia al margen de la causa que la halla originado.
Esto lo estudie hace algunos años, pero me temo que mucho no ha variado.

Esto lo estudie hace algunos años, pero me temo que mucho no ha variado.